透射电子显微镜配置选区电子衍射装置，使得薄膜样品的结构分析与形貌观察有机结合，是X射线衍射无法比拟的优点。

透射电子显微镜中的成像操作就是把中间镜的物平面和物镜的像平面重合，这时只要把中间镜的物平面和物镜的背焦面重合，则在荧光屏上得到一幅电子衍射花样，成像方式就转为衍射方式了。