根据Nelson（2016）的鱼类分类系统，棘鳍鱼总目包括2个系，金眼鲷系和鲈形鱼系。

A.金鳞鱼目

B.金眼鲷目

C.棘鲷鱼目

D.鼬鳚目

A.金眼鲷目

B.金鳞鱼目

C.棘鲷鱼目

D.鼬鳚目

A.蟾鱼亚系

B.鮋鳚亚系

C.鰕虎鱼亚系

D.Ovalentaria亚系

A.须鰃目

B.鲑鲈目

C.海鲂目

D.鞭尾鱼目

E.鳕形目

A.辫鱼总目

B.圆鳞鱼总目

C.灯笼鱼总目

D.月鱼总目

E.副棘鳍鱼总目

F.棘鳍鱼总目

A.鳞南乳鱼目

B.原棘鳍鱼总目

C.胡瓜鱼总目

D.新真骨鱼

A.鲈形目

B.梦鲈目

C.刺尾鱼目

D.鲷形目

A.南极鱼亚目

B.鰕虎鱼亚目

C.鲳亚目

D.鲹亚目

A.水珍鱼目

B.乳鱼目

C.胡瓜鱼目

D.巨口鱼目

A.腕鳍下纲

B.软骨硬鳞鱼下纲

C.全骨鱼下纲

D.真骨鱼