微生物的发酵方式可分为分批发酵、补料分批发酵和连续发酵。

（1）按培养基是固态或液态将发酵分为固体发酵和液体发酵； （2）按对氧需要或不需要可分为好气发酵和厌气发酵； （3）按发酵是在培养基表面或深层进行还分为表面发酵和深层发酵； （4）按发酵是间歇或连续进行可分为分批发酵、补料分批发酵和连续发酵； （5）按菌种是单一还是混合的菌种可分为单一纯种发酵和混合发酵； （6）按菌种是否被固定在载体上可分为游离发酵和固定化发酵。